לאחר השלמת הסובלימציה של הקרח במוצר, ייבוש המוצר נכנס לשלב השני. בשלב זה, למרות שאין קפוא במוצר, עדיין יש כ-10 אחוזי לחות במוצר. כדי לגרום למוצר להגיע לתכולת לחות שארית מתאימה, יש לייבש את המוצר עוד יותר.
בשלב הספיחה ניתן להעלות במהירות את טמפרטורת המוצר לטמפרטורה המקסימלית המותרת של המוצר ולשמור על טמפרטורה זו עד לסיום הייבוש בהקפאה. העלאה מהירה של טמפרטורת המוצר מועילה להפחתת תכולת הלחות הנותרת של המוצר ולקיצור זמן ייבוש הספיחה. הטמפרטורה המותרת של המוצר תלויה במגוון המוצר, בדרך כלל סביב 25 מעלות -40 מעלות. 25 מעלות עבור מוצרים ויראליים, 30 מעלות עבור מוצרים חיידקיים, ועד 40 מעלות עבור סרום ואנטיביוטיקה.
בשלב ייבוש הספירה, עקב הפחתת בריחת המים במוצר, ירידת טמפרטורת המעבה גורמת לירידת לחץ אדי המים במערכת, מה שלעיתים מוריד את הלחץ הכולל של קופסת ייבוש ההקפאה לפחות מ- 0.1 mbar, מה שגורם לקופסה המיובשת בהקפאה לרדת לפחות מ-0.1 mbar. העברת חום הסעה בקופסה היבשה כמעט מתבטלת. לכן, למרות שהטמפרטורה של השכבה מחוממת לטמפרטורה המקסימלית המותרת של המוצר, הטמפרטורה של המוצר עולה לאט מאוד בגלל העברת חום לקויה.
על מנת לשפר את העברת החום של קופסת ייבוש ההקפאה, טמפרטורת המוצר יכולה להגיע לטמפרטורה המקסימלית המותרת מהר יותר, על מנת לקצר את זמן שלב ייבוש הספיחה. כדי לשלוט בלחץ בקופסת הייבוש בהקפאה, טווח לחץ הבקרה הוא בין 0.15 ל-0.3 mbar. הלחץ בקופסת ייבוש ההקפאה נשלט בדרך כלל בשיטת הדליפה המכוילת. על מערכת הוואקום של מכונת ייבוש ההקפאה (בעיקר על קופסת הייבוש בהקפאה), התקינו חור דליפה מלאכותי הניתן לתיקון, הנשלט על ידי מכשיר הוואקום; כאשר הלחץ של תיבת ייבוש ההקפאה יורד מתחת לערך הגבול התחתון שנקבע של מכשיר הוואקום, שסתום הסולנואיד הדליפה נפתח, והגז האינרטי היבש והמעוקר מוכנס לקופסת הייבוש בהקפאה, כך שהלחץ בהקפאה -קופסת ייבוש עולה. כאשר הלחץ עולה לערך הגבול העליון שנקבע של מכשיר הוואקום, שסתום הסולנואיד של חור הדליפה נסגר, וכניסת האוויר נעצרת. הלחץ בקופסת ייבוש ההקפאה יורד שוב, כך שהלחץ בקופסת הייבוש בהקפאה נשלט בטווח שנקבע.
בקרת הלחץ יכולה להשתמש גם בשיטה של פתיחה וסגירה לסירוגין של השסתום בין קופסת ייבוש ההקפאה למעבה, ובשיטת הפעולה לסירוגין של משאבת הוואקום. ושיטת פעולה לסירוגין של מקרר מעבה וכו'.
ברגע שטמפרטורת המוצר מגיעה לטמפרטורה המותרת, יש צורך בשחזור ואקום גבוה על מנת להפחית עוד יותר את תכולת הלחות הנותרת במוצר. בשלב זה, יש להפסיק את השיטות לעיל לשליטה בלחץ. במקביל להתאוששות הוואקום הגבוה בקופסת הייבוש בהקפאה, הגיעה ירידת הטמפרטורה של המעבה עקב הפחתת העומס גם לטמפרטורת הגבול הנמוכה ביותר. זה ממקסם את הפרש לחץ אדי המים בין קופסת ייבוש ההקפאה למעבה. מצב כזה תורם מאוד לבריחת מים שאריות במוצר. בדרך כלל, זה צריך להיות במצב לא פחות משעתיים. ככל שהזמן ארוך יותר, תכולת המים השיורית במוצר נמוכה יותר.
***אורך שלב הספיחה תלוי בגורמים הבאים:
מגוון מוצרים: למוצרים שונים יש קשיי ייבוש שונים, ויחד עם זאת, למוצרים שונים יש טמפרטורות מרבית מותרות שונות. עבור מוצרים עם טמפרטורות מקסימליות גבוהות יותר, הזמן יכול להיות קצר יותר בהתאם.
תכולת לחות שארית: מוצרים עם תכולת לחות נמוכה דורשים זמן ייבוש ארוך יותר. תכולת הלחות הנותרת של המוצר צריכה להיות תורמת לאחסון המוצר לטווח ארוך, ולא טוב אם היא גבוהה מדי או נמוכה מדי. זה צריך להיקבע על ידי ניסוי.
ביצועי מייבש ההקפאה: דרגת הוואקום שניתן להשיג בשלב מאוחר יותר של שלב הספיחה היא גבוהה, ולמייבש ההקפאה עם טמפרטורת מעבה נמוכה יכול להיות זמן ייבוש ספיגה קצר יותר.
האם להשתמש בשיטת בקרת הלחץ: אם נעשה שימוש בשיטת בקרת הלחץ, העברת החום משתפרת, מתקצר הזמן עד שהמוצר מגיע לטמפרטורה המקסימלית המותרת, ומתקצר גם זמן הספיחה והייבוש.
לבסוף, האם ניתן לסיים את הייבוש בהקפאה נקבעת על ידי טמפרטורת המוצר הגיעה לטמפרטורה המקסימלית המותרת ונשמרה בטמפרטורה זו במשך יותר משעתיים; סגור את השסתום בין קופסת הייבוש בהקפאה למעבה ושם לב להתבונן בקופסת הייבוש בהקפאה. כאשר הלחץ עולה (זמן הסגירה אמור להיות ארוך יותר בזמן זה, כ-30 שניות עד 60 שניות). אם הלחץ בקופסת הייבוש בהקפאה לא עולה משמעותית, זה אומר שהייבוש בעצם הסתיים, וניתן לסיים את הייבוש בהקפאה. אם הלחץ עולה משמעותית, זה אומר שעדיין בורחים מים, ויש להאריך את זמן הייבוש. עד שלא תהיה עלייה משמעותית לאחר סגירת השסתום בין מעבי הקופסאות לייבוש בהקפאה.