החלבון הכללי הוא מבנה סליל כפול, וכחלבון מבני של המטריצה החוץ-תאית (ECM), הקולגן מורכב משלוש שרשראות פוליפפטידיות היוצרות מבנה סליל משולש, או תחום קולגן, כלומר, כל אחת משלוש שרשראות הפוליפפטידים היא שמאלית- מסר. המבנה הסלילי ננעל על ידי קשרי מימן ליצירת מבנה מוצק ימני. שרשראות הקולגן הייחודיות לשמאל שלובות זו בזו כדי ליצור את המבנה הסלילי המרוכב של הקולגן. קטע זה נקרא הקטע הסלילי. המאפיין הגדול ביותר של המקטע הסליל הוא הסידור המחזורי של חומצות אמינו (Gly-XY)n, כאשר המיקומים של X, Y Proline (PrO) והידרוקסיפרולין (Hyp) הם חומצות האמינו הייחודיות של קולגן, המהוות כ-25 אחוז והתכולה הגבוהה ביותר בחלבונים שונים; הידרוקסיליזין (Hyl) הקיים בקולגן נמצא באחר הוא אינו קיים בחלבון, אינו משתתף בביוסינתזה של קולגן בצורה מוכנה, אלא הופך מהפרולין (Pro) בשרשרת הפפטידים של הקולגן. שסונתז על ידי פעולת הידרוקסילה.
עם זאת, התוכן של הידרוקסיפרולין וחומצה פירוגלוטמית בחלבוני יונקים יבשתיים היא קטנה מאוד. בהשוואה לבעלי חיים יבשתיים, הקולגן בחיות מים מכיל פחות פרולין והידרוקסיפרולין, ותכולת המתיונין המכיל גופרית (Met) גדולה בהרבה מזו שבקולגן יבשתי.
