תכולת הגליצין (Gly), אלנין (Ala), פרולין (Pro) וחומצה גלוטמית (Glu) בקולגן גבוהה יחסית, במיוחד גליצין, המהווה כ-27 אחוז מסך חומצות האמינו, וכן מדווח כי הוא מהווה 1/1/2 מכלל חומצות האמינו. 3, כלומר, יש גליצין בכל שני שאריות חומצות אמינו אחרות (X, Y), כך ששרשרת הפפטידים שלו יכולה להיות מיוצגת על ידי (Gly-XY)n. כל מולקולת פרוקולגן מורכבת משלוש שרשראות פפטידים. לשרשרת -פפטיד עצמה יש מבנה -helix. אחד מכל שלוש שאריות חומצות אמינו בשרשרת הפפטידים חייב לעבור דרך האזור המרכזי של הסליל המשולש, שם החלל צר מאוד. רק גליצין מתאים לתפקיד זה, מה שיכול להסביר את המאפיין של כל שתי שאריות חומצות אמינו בהרכב חומצות האמינו שלה. שימו לב שגם X וגם Y מייצגים כל חומצת אמינו, מלבד ש-X הוא בדרך כלל פרולין, ו-Y הוא בדרך כלל הידרוקסיפרולין. הוא מכיל גם כמות קטנה של 3-hydroxyproline (3-hydroxyproline) ו-5-hydroxylysine (5-hydroxylysine, Hyl). שאריות הידרוקסיפרולין יכולות לייצב מולקולות קולגן על ידי יצירת קשרי מימן תוך מולקולריים. שלושת שרשראות הפפטיד כרוכות למבנה סליל משולש "דמוי חבל דשא" בסליל מקביל ימני על ידי כוח ואן דר ואלס, קשרי מימן וקישור צולב קוולנטי, מה שגורם לקולגן להיות בעל חוזק מתיחה גבוה.
