מיצוי אלקליין הוא להשתמש בריכוז מסוים של אלקלי כדי להפיק קולגן בתנאים חיצוניים מסוימים. חומרי הטיפול הנפוצים בשיטת הטיפול האלקלי הם סיד, נתרן הידרוקסיד, נתרן קרבונט ועוד, והשפעת השטיפה עם נתרן הידרוקסיד טובה יותר. בדרך כלל, הדגימה הומוגנית, נפוחה בתמיסה אלקלית במשך מספר פעמים, ולאחר מכן מחולצת על ידי צנטריפוגה. עם זאת, עקב דנטורציה קלה של חלבון, כגון הידרוליזה של קשרי קולגן פפטיד, כל חומצות האמינו המכילות קבוצות הידרוקסיל וסולפהידריד נהרסות; ה-pH של המוצר המתקבל נמוך, אספרטמיד וגלוטמין מומרים לחומצה אספרטית בהתאמה. וחומצה גלוטמית, המשקל המולקולרי של ההידרוליזט המתקבל נמוך מזה שבתמיסה החומצית, אם היא רצינית יותר, היא תייצר גם תערובת חומצה אמינית מסוג D, L, אם תכולת חומצות אמינו מסוג D גבוהה יותר. מאשר חומצת אמינו מסוג L, אז זה יעכב את הספיגה של חומצות אמינו מסוג L, וכמה חומצות אמינו מסוג D הן רעילות, ואף בעלות השפעות מסרטנות, טרטוגניות ומוטגניות. יתרה מכך, תכולת המיצוי הבסיסי נמוכה יחסית, והתפוקה של קולגן מסיס אלקלי המופק מעור דיונונים עם נתרן הידרוקסיד היא רק 3 אחוזים (על בסיס רטוב). לכן, שיטה זו משמשת לעתים רחוקות למיצוי קולגן שהוא שלם מבחינה מבנית ובטוח לשימוש. אין הרבה דיווחים על מיצוי קולגן בשיטת אלקליין בלבד. בדרך כלל, שיטת המיצוי הבסיסית ושיטת החומצה משמשות בשילוב. לדוגמה, ב-4 מעלות, עצמות הדגים מושרות ב-0.1mol/L NaOH למשך 6 שעות, ולאחר מכן מושרות ב-2.5 אחוזים NaCl למשך 6 שעות להסרת זיהומים, תמיסת איזופרופנול של 10 אחוז להסרת שומן , 0.1 מ"ל/ליטר חומצת לימון עבור 3d, ולבסוף התקבל קולגן חסר צבע וריח עם קצב מיצוי של 11.87 אחוזים.
שימו לב שלא משנה שיטת החומצה או שיטת האלקלי, ניתן להפיק קולגן ביעילות. יש אנשים שמשתמשים בתמיסת חומצה מעורבת של חומצה אצטית-הידרוכלורית (pH3.0) ובתמיסת NaOH (pH12.0) כדי להפיק קולגן מעצם, וקצב המיצוי הוא בעצם זהה. עם זאת, מיצוי הקולגן בשתי שיטות אלו משפיע לא רק בקלות על הפעילות הביולוגית של הקולגן, אלא גם על נוזל הפסולת החומצי או הבסיסי המיוצר לאחר המיצוי חייב להיות מטופל כראוי כדי למנוע זיהום סביבתי.
