מומחים מציעים שלא לצבוע את השיער יותר מפעמיים בשנה. מטופלים הסובלים מיתר לחץ דם, מחלות לב, אסטמה ומחלות אחרות לא צריכים לצבוע את שיערם. בנוסף, גם זוגות שמתכננים ללדת ונשים בהריון ומניקות אינם מתאימים לצביעת שיערם.
שימוש ארוך טווח בצבע שיער מזיק לבריאות. מומחים אמריקאים בחנו 160 צבעי שיער פופולריים ומצאו של-150 מהם יש השפעות מסרטנות. לדוגמה, בין צבעי שיער חמצוניים, ישנו חומר בשם 2-aminoanisole, שסביר להניח שיצטבר בגוף האדם ויקדם את התפשטות התאים. בנסיבות רגילות, אם משתמשים בצבע השיער במשך 10 שנים, העור האנושי צריך לספוג רק 1% מהחומר הזה, מה שעלול לגרום לסרטן.
בנוסף, השימוש בצבעי שיער עלול לשבש את התפקוד החיסוני של הגוף, מה שמוביל לזאבת אריתמטוזוס. צבעי שיער מסוימים יכולים לגרום לדלקת עור אלרגית, דלקת לחמית אלרגית וכן הלאה. בהתאם לכך, מדענים הזהירו אנשים שיש להשתמש בצבעי שיער בזהירות.