בנוסף לקולגן, עצמות בעלי חיים מכילות גם שמנים, מינרלים שונים וזיהומים אחרים, ולכן יש לטפל בהן מראש לפני השימוש למיצוי קולגן. ראשית, הסר את שאריות הבשר והגידים ושאריות הבשר על עצמות החיות, ולאחר מכן השתמש ב-n-butanol או n-hexane כדי לחלץ את שמן העצמות לאחר הריסוק. לבסוף, חומר אנאורגני בעצם מוסר כדי לשפר את תפוקת הקולגן. ניתן להסיר מינרלים מהעצם באמצעות חומצה מדוללת או תמיסת EDTA. חלק מהאנשים השתמשו בחומרי הגלם כדי לבטל את המסה של פי 5 ממסה של 1.0mol/LHCL למשך יומיים, הסרת שומנים עם n-אתאן, ולאחר מכן עברה הידרוליזה אנזימטית עם פפסין. מיצוי למשך 5 שעות ביחס מוצק-נוזל של 1:6, במצב זה, קצב המיצוי יכול להגיע ל-18 אחוזים; יש אנשים שמשרים את האגרגט בתמיסת EDTA (pH 7.4) למשך 5d, שיכולה להסיר ביעילות את קבוצות ההידרוקסיל באפטיט המצטבר.
יש בדרך כלל שלוש שיטות למיצוי קולגן: האחת היא השיטה הפיזית הנעזרת בלחץ גבוה; השני הוא השיטה הכימית של טיפול מקדים ממס בשילוב עם טמפרטורה נמוכה או מיצוי מים חמים. על פי ממסים שונים, ניתן לחלק אותו לשיטת מיצוי מים חמים ושיטת חומצה, שיטת אלקלי, שיטת מלח; השלישי הוא השימוש בשיטה ביוכימית אנזים. מיצוי בלחץ גבוה ומים חמים מכוונים למיצוי ג'לטין, בעוד מיצוי בטמפרטורה נמוכה ומיצוי אנזימטי מכוונים למיצוי קולגן. מבודד מחלבונים אחרים.
בתהליך המיצוי בפועל, שיטות מיצוי שונות משולבות לעתים קרובות אחת עם השנייה כדי להשיג תוצאות מיצוי טובות יותר. חומר הגלם עובר טיפול בלחץ גבוה למשך תקופה על ידי מערכת עיבוד בלחץ גבוה במיוחד, כך שמבנה הרקמה ומבנה הסליל המשולש של הקולגן רפויים ודנטורטים, דבר שנוח להפרדה ולמיצוי.
