1. בעיית מחיר. בשלב זה, מחיר הביופלסטיקה גבוה פי שניים או שלושה מזה של פלסטיק רגיל, מה שמעכב את הפופולריזציה המהירה של חומרים כאלה. חלק מהחברות היפניות משתמשות בביופלסטיקה במוצריהן, בעיקר כדי לבסס תדמית סביבתית של החברה. עם זאת, ברגע ביופלסטיקה להיכנס לשלב הייצור ההמוני, העלות יכולה להיות מופחתת מאוד.
2. ביופלסטיקה, כמו דלקים ביולוגיים, עשויה להתחרות עם אנשים על מזון. דלקים ביולוגיים מגיעים מתירס, חיטה וגידולי מזון אחרים, מה שיעלה את מחירי המזון בעולם. ביופלסטיקה העשויה מתירס וחומרי גלם אחרים עלולה גם היא לגרום לאותה בעיה. מדענים ביפן, ארצות הברית ומדינות אחרות החלו להשתמש בפסולת עץ ועשים כדי להפוך את הביופלסטיקה.
3. אספקת הביופלסטיקה עדיין מוגבלת יחסית. במידה מסוימת, מחירי המוצרים עדיין מונעים על ידי מחירי הנפט.
רביעית, ניהול סוף החיים של ביופלסטיקה. ההתמקדות היא בזיהום בקבוק ה-PLA לזרם ההתחדשות. למרות שרמת ה-PLA הנוכחית אינה מהווה איום רציני של זיהום, מספר רב של בקבוקי PLA יפגעו בכלכלת המיחזור של בקבוקי PET.
5. היעדר שיטת תיוג ביופלסטית מאוחדת.
6. המודעות הצרכנית לביופלסטיקה גוברת, אך רוב הצרכנים אינם יודעים להבחין בין חומרים אלה – כגון ביו-חומרים וחומרים מתכלים, או חומרים מתחדשים ותכנים ממוחזרים – וכיצד לאזן תכונות שונות. לכן, חשוב לחזק את קידום הצרכנים, כגון להסביר במדויק את ההגדרה של מונחים קשורים. בנוסף, הצרכנים יודעים מעט על מסלול ההשלכה הטוב ביותר עבור חומרים מתכלים. זה גם חשוב במיוחד עבור תעשיית bioplastics כדי לחזק את השיווק כדי לחסל את חוסר האמון של צרכנים מסוימים.
7. נושא ההתחממות הגלובלית. ביופלסטיקה יכולה להיות מתכלה בדרגות שונות. היא מצביעה על דרך שבה העולם לא יסתמך עוד על נפט לייצור פלסטיק. אבל "הטיעון הירוק" של היצרן מסובך מדי, וגם פעילי איכות הסביבה מסתייגים מכך. ייצור ביופלסטיקה יפיק פחמן דו חמצני, מה שיוביל להתחממות כדור הארץ.
8. ספקות לגבי הבטיחות של חומרים מהונדסים גנטית. חומרי הגלם המשמשים בביופלסטיקה הם יבולים-תירס, עשב-מיתוג, קנה סוכר ואפילו בטטות - הדורשים אדמה ומים לגידול. כדי לקדם תסיסה, יצרנים משתמשים לעתים קרובות אורגניזמים מהונדסים גנטית, ומיחזור של פלסטיק זה יש גם כמה חסרונות.